提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
湖北体育博物馆开馆 逾千件珍贵展品细数千年体育故事******
新华社武汉1月10日电(记者乐文婉)历经几代体育人的努力,展出1100多件珍贵展品、300多幅历史图片的湖北体育博物馆10日在湖北省奥林匹克体育中心正式开馆。
湖北体育博物馆是湖北首家体育类行业博物馆,位于湖北省奥林匹克体育中心网球综合馆4楼,展陈面积达1500平方米。从屈家岭文化时期(距今约5100至4500年)的石球和捕猎工具等体育器材雏形、1914年汉口赛马比赛冠军奖杯、十届奥运会金牌到亚洲足球小姐奖杯……1118件展品与300多幅历史图片展现了湖北体育从古至今的发展历程。
此外,湖北体育博物馆还设有光影序厅、乒乓球氛围展厅、届届见金专题展厅、军运会沉浸式展厅、滑雪和航空运动实景互动展厅等五大特色展厅,让观众沉浸式感受体育荣光、体验运动乐趣。
从2015年启动研究动议到建成开馆,湖北体育博物馆凝聚了湖北体育人、博物馆业内人士与民间体育爱好者的共同心血。开馆仪式现场,湖北籍奥运冠军代表李小双、程菲、廖辉、赵芸蕾、刘蕙瑕等为博物馆献上美好祝福。
湖北省体育局局长水兵表示,博物馆是连接过去、现在、未来的桥梁,建设体育博物馆,就是为了让散落民间的文物史料回“家”,让藏品背后的人和故事“活”起来,让湖北体育历史的根脉得以延续,从而激励全省人民厚植家国情怀、涵养进取品格、永葆奋斗之姿。
新华网
(文图:赵筱尘 巫邓炎)